Alvast even vermelden dat ik Belgische ben en dat ze het hier in België graag ingewikkeld maken

Ik heb een webshop (met Magento) en bakstenen winkel onder het zelfde ondernemingsnummer.
Ik moet alle ontvangsten dagelijks in een dagontvangstenboek schrijven. Bedragen van meer dan 250€ of verkopen naar een ander bedrijf moeten apart ingeschreven worden. Aankopen onder de 250€ mag ik gewoon optellen en vermelden als 'dagtotaal'. Telkens moet de BTW moet gesplitst worden (6 en 21% in mijn geval)
Een factuur moet je enkel uitschrijven aan een zakelijke verkoop, maar magento maakt er automatisch een 'factuur' van als de betaling werd ontvangen.
Voor de bakstenen winkel heb ik een apart kassasysteem dat niet gekoppeld kan worden aan magento. Dus als ik daar een zakelijke verkoop heb (wat daar nog vaker gebeurt dan via de webshop) zit ik nog eens met andere facturen. (Ook daar het zelfde probleem met de facturen…)
Op het einde van het kwartaal moet ik dus alle zakelijke facturen bundelen en aan mijn boekhouder bezorgen. Maar de nummering van die facturen klopt dus van geen kanten zoals je wel kan raden.
Hoe krijg ik dit op orde? Mijn boekhouder zegt nog een apart facturatieprogramma te nemen en de zakelijke facturen daar manueel in te geven maar dan heb ik nog eens dubbel werk.
Ben nu de webshop helemaal aan het laten herzien dus het is nu de moment om dat eindelijk eens op orde te krijgen. Maar hoe?